Главной рекой Бийска является Бия. Именно эта река дала название городу. В пойме этой реки находится основная часть городской застройки.
Река Бия разделяет город на правобережную и левобережную части. Через реку перекинуты мосты.
В непосредственной близости от города протекает река Катунь. Сливаясь, Бия и Катунь образуют Обь. Слияние рек Бия и Катунь происходит напротив поселка Сорокино (входит в городскую черту). Входящие в состав Бийска села Фоминское и Одинцовский посад расположены на берегу Оби.
Близ села Фоминское протекает река Чемровка. По её руслу в пределах от устья до села Жаворонки проходит граница раздела между территорией города и Зонального района.
В западной части Бийска протекала река Ковалёвка. Она была осушена в 60-х годах XX века.
Есть ещё малая река, бассейн которой целиком находится в пределах территории города. Это Чугунайка. Река Чугунайка берёт свое начало на Волчьем болоте в промышленной зоне и впадает в Обь между селами Одинцовский пасад и Фоминское, входящими в состав города.
